南阳医专的前身是创办于1951年的南阳卫校。2004年经国家教育部批准升格为南阳医学高等专科学校。
2006年南阳市委市政府对南阳医学教育资源进行整合，将南阳中医药学校连同张仲景国医大学（理工学院国医国药系）并入南阳医学高等专科学校，形成了中西医结合、优势互补的办学格局。目前，学校占地1316亩。
校舍建筑面积47.8万平方米，教学科研仪器设备总值1.05亿元。馆藏图书150余万册，中外文期刊1520种。学校内设20个党政群团机构，14个教学系(部、院)，6个教辅机构。开设有临床医学、护理、医学影像技术等18个专业，并与美国卡姆登学院、菲律宾伊密里欧学院合作办学。
南阳医学高等专科学校师资力量
学校有专任教师715人，其中：高级专业技术职务263人（正高60人），硕士以上学位325人，外国文教专家6人。5人被聘为高校硕士、博士生导师。
我校现有专门的科研机构15个，其中市级以上研究机构7个。并建有设备先进，功能配套，面积2300平方米的科研实验中心。2012年学校被批准设立河南省博士后研发基地。
艾滋病解剖标本填补国内外空白，中药标本馆、人体生命科学馆全国一流，仲景文化特藏馆独具特色,《国医论坛》为国家级期刊，创办的“中国解剖网”被中国解剖学会确定为专用网站。
南阳医学高等专科学校实训基地
学校还建有国家级示范性实训基地1个，省级示范性实训基地建设5个；省级特色专业5个，河南省教改试点专业2个，河南省高等学校专业综合改革试点专业4个，中央财政支持建设专业2个；省级精品课程3门，河南省高等学校精品资源共享课程2门；省级教学团队3个。
南阳医学高等专科学校获得荣誉
先后承担、完成了省级教育教改项目10项；国家授权专利201项；国家中医药管理局项目3项；国家自然科学基金项目1项；国家中医药管理局中医药科技专项中标项目1项。先后荣获河南省高等教育教学成果特等奖1项；中华医学科技二等奖1项；湖北省科技成果二等奖1项。
2008年在教育部人才培养水平评估中被评为优秀等次；2013年又顺利通过第二轮人才培养工作评估，22项评估指标全部获优。2014年被评为“河南省职业教育品牌示范学校”。