石河子大学医学院的前身是中国人民解放军第一兵团卫生学校，1949年建校于甘肃天水，1949年10月随军进疆，先后经历了新疆军区卫校、兵团医学专科学校、兵团医学院、石河子医学院、石河子大学医学院等几个发展阶段。
石河子大学医学院专业设置
石河子大学医学院设有基础医学系、护理系、预防医学系和临床医学系、口腔医学系、医学影像学系、医学检验系、麻醉学系等8个系，开设临床医学、护理学、预防医学、口腔医学、医学影像学、医学检验等6个本科专业，其中临床医学为大学特色专业。
石河子大学医学院师资力量
学院师资力量雄厚，既有在学术上功底深厚、有较高知名度的学者、专家，也有在专业上颇有建树的青年学者。学院现有教授56人，副教授120人，讲师188人；博士52人，在读博士74人，硕士133人；硕士生导师316人，兼职博士生导师12人。国家级突出贡献中青年专家2人，享受国务院特殊津贴专家5人，自治区优秀专家1人。
石河子大学医学院附属医院
拥有附属医院4所（直属医院1所，非直属医院3所），教学、实习医院30所，其中三甲医院10所。学院第一附属医院为全国“百佳”医院。
石河子大学医学院学术交流
石河子大学医学院广泛开展对外交流与合作。2007年省部共建教育部重点实验室-新疆地方与民族高发病实验室通过专家评估，成为教育部重点实验室，并与复旦大学遗传工程国家重点实验室、美国阿拉巴马州大学分子医学实验室等建立了长期协作关系，力争成为兵团和自治区的医学研究与科研开发中心。2001年6月，国家教育部指定北京大学对口支援石河子大学。
石河子大学医学院发展目标
在新世纪里,石河子大学医学院将抓住机遇，以培养“宽口径、厚基础、强能力、高素质”的高级卫生技术人才为目标，发挥综合性大学学科齐全、文理渗透、医工、文结合的优势，为促进边疆各族人民卫生事业的发展和国家西部大开发战略的顺利实施做出应有的贡献。