其前身新疆医学院始建于1954年，1956年建成招生，1998年6月新疆医学院与新疆中医学院合并成立了新疆医科大学，2011年11月4日，国家卫生部与新疆自治区签署了共建该校的协议。
新疆医大对外合作
在对外合作交流方面，新医大一直积极参与国内外知名高校的交流与合作。中南大学、北京中医药大学、吉林大学为我校全面对口支援大学，同时，我们同北京大 学、上海交通大学、山东大学、上海中医药大学、浙江大学等20余所大学建立了长期的合作关系。在国外，与美、日、英、法、德、俄、巴基斯坦等多个国家大学 及研究机构建立了校际合作关系。特别是近几年来，学校国际教育的规模和质量不断提升，学历被阿联酋、沙特、巴基斯坦等多个国家认可，学历教育人数包括博 士、硕士、本科层次近600人，学校在周边国家的影响力不断增强，被教育部授予首批接受政府奖学金的高校、来华留学生教育先进集体。2011年，我校被批 准成为自治区首批来疆留学高校示范基地。
新疆医大附属医院
新疆医科大学第一临床医学院（新疆医科大学第一附属医院）三甲医院
新疆医科大学第二临床医学院（新疆医科大学第二附属医院）三甲医院
新疆医科大学第三临床医学院（新疆医科大学附属肿瘤医院暨自治区肿瘤研究所）三甲医院
新疆医科大学第四临床医学院（新疆医科大学附属中医医院暨自治区中医药研究所）三甲医院
新疆医科大学第五临床医学院（新疆医科大学第五附属医院）三甲医院
新疆医科大学第六临床医学院（新疆医科大学第六附属医院）
新疆医大毕业证及学位证书
所有本科专业毕业后发放本科学历证书，专科专业发放专科学历证书。七年制临床医学专业毕业后授予医学学士和医学硕士学 位；临床医学、口腔医学、中西医临床医学、麻醉学、医学影像学、中医学、针灸推拿学、预防医、维医学、法医学、哈医学专业授予医学学士学位；医学检验技术、药学、中药学、护理学专业授予理学学士学位；公共事业管理、信息管理与信息系统专业授予管理学学士学位；生物医学工程专业授予工学学士学位；英语专业 授予文学学士学位。
新疆医大收费标准
学校按自治区物价局规定的标准收取学杂费，学生于每学年报到注册时交纳。我校具体收费标准为：七年制临床医学专业5000元/学年；其余本科专业4000/学年；专科专业3900/学年。学生公寓住宿费800/学年。收费标准如有变动以自治区批复为准。
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